Ämne	bootstrappingEx

Fråga

Vad är egentligen 'bootstrapping”, den metod man använder när man konstruerar fylogenetiska träd och vill testa om en viss förgreningspunkt är ”korrekt” eller inte?

Svar

Man brukar säga ”bootstrapping” på svenska också. Det är en statistisk metod där ett givet urval används för att generera nya hypotetiska urval. Eftersom de nya urvalen baseras på det första urvalet utan att nya data tillförs används uttrycket bootstrapping, som har sitt ursprung i uttrycket ”pull oneself up by one's bootstraps”, dvs att dra sig upp ur t.ex. kvicksand i sina egna stövelstroppar, eller på svenska kanske i håret (jfr Baron Münchhausens underbara resor och äventyr, där huvudpersonen drar sig upp ur ett träsk i sin egen hårfläta). De nya hypotetiska urval som genereras kan användas för att testa och bekräfta modeller och tolkningar som är baserade på det ursprungliga urvalet. Bootstrapping kan användas för att bedöma hur väl en multipel sekvensinpassning kan förutsäga ett fylogenetiskt träd. De DNA-sekvenser träden ska byggas av passas in under varandra så att homologa baser hamnar på samma lodlinje. Därefter genereras nya ”sekvenser” genom att man för varje position väljer en slumpmässig bas bland dem som återfinns i denna lodlinje, enligt deras frekvens i sekvenserna. Dessa sekvenser används så för att bygga ett nytt fylogenetiskt träd. Det är vanligt att göra om detta 100 eller 1000 gånger. Om en viss förgrening i trädet ses i 97 av 100 sådana träd har grenen ett bootstrapvärde på 0,97.